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NCBI网站
NCBI网站
2014-12-11 09:10:05 阅读次
美国国家生物技术信息中心（NCBI）建立于1988年，是美国国立卫生研究院（NIH）的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NCBI检索系统收录了许多基因序列和蛋白序列数据库，其除了维护GenBank数据库外，还提供基于Gen-Bank和多种生物学数据库的检索和分析服务。NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库和生物信息工具。
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一、数据收录范围
目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库主要包括：
1．核酸序列库（Nucleotide sequence database）
核酸序列库包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库，是从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理的核酸序列，可用于提供直接的检索。
GenBank数据库（NIH遗传序列数据库）是NCBI检索系统中主要的基因序列数据库，该数据库包含了所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列以及相关的文献著作和生物学注释。数据涉及7万多个物种其中56%是人类的基因组序列（所有序列中的34%是人类的EST序列）。数据来源于测序工作者提交的序列测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据。每条Genbank数据记录都包含了对序列的简要描述、科学命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表以及序列本身。序列特征表里包含对序列生物学特征注释，如：编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等。所有数据记录被划分在若干个文件里，如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类，以及EST数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等16类，其中EST数据等又被各自分成若干个文件。GenBank同日本DDBJ（DNA Data Bank of Japan）和欧洲分子生物学实验室EMBL（European Molecular Biology Laboratory）的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。
2．蛋白质序列库（Protein Sequence database）
蛋白质序列库与核酸序列库类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。该序列库中的资料来自Genbank和其他的蛋白序列库如PIRSWISS -PROT、PROSITE、PDB、SCOP等。
3．结构（Structure）
结构数据库或称分子模型数据库（MMDB），包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从PDB（Protein Data Bank）获得。NCBI已经将结构数据交叉链接到书目信息、序列数据库和NCBI的Taxonomy中，运用NCBI的3D结构浏览器和Cn3D（See in 3-D，一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具，它允许观察3-D结构和序列-结构或结构-结构同源比较），可以很容易地从Entrez获得分子的分子结构间相互作用的图像。
4．分类学（Taxonomy）
该数据库是以核酸或蛋白质为基础的分类学信息，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。
5．PubMed
PubMed是关于生物医药科学的检索系统，包括引用、摘要和杂志的索引术语。它包括直接由出版商提供给NCBI的文献引用以及链接到在出版商网址上的全文的URLs。PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容。它还包括一些被MEDLINE认为超出范围的文章和杂志，（这些文章或杂志）由于内容或在某一时期不在索引范围内。
二、特点
1．Entrez
Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括PubMed书目数据库、核酸序列数据库、蛋白序列数据库、大分子结构数据库、完整染色体数据库等。
2．BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。
三、检索介绍
登录NCBI网站后，点击右侧栏目的BLAST链接，进入BLAST检索页面。
NCBI提供了nucleotide blast、protein blast、blastx、tblastn、tblastx、Primer-BLAST、MOLE-BLAST等多种检索程序。
点击nucleotide blast，进入核酸序列的检索页面，在检索页面输入核酸序列进行检索。可在Database选项的下拉菜单中选择相应的数据库。
